水環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)不完善、水生植物水生動物系統(tǒng)薄弱等問題則進一步加劇了該問題。多數(shù)河流湖泊由于生態(tài)系統(tǒng)的不健全造成水體自凈能力不足，抗污染負(fù)荷能力弱，因此一定時間后引發(fā)了一系列的環(huán)境問題進而影響水質(zhì)。

水生態(tài)系統(tǒng)構(gòu)建是指通過利用微生態(tài)系統(tǒng)修復(fù)技術(shù)，對水體中污染物進行轉(zhuǎn)移、轉(zhuǎn)化及降解，從而使水體得到凈化，創(chuàng)造適宜多種生物生息繁衍的環(huán)境，重建并恢復(fù)水生生態(tài)系統(tǒng)。首先通過調(diào)節(jié)水體微生態(tài)系統(tǒng)，刺激和加速土著微生物迅速繁殖，激發(fā)土著微生物的活性，對水體內(nèi)微生態(tài)系統(tǒng)進行人為干預(yù)引導(dǎo)。其次在水體主要水質(zhì)指標(biāo)提升到一定的范圍，并且水體的微生態(tài)菌群達(dá)到相對穩(wěn)定的時候，水體的水質(zhì)保持除了需要日常的生物維護以外，還需要采用生態(tài)措施進一步恢復(fù)水體的生態(tài)系統(tǒng)，以確保水體的水質(zhì)能夠長期維持，并且能夠逐步提升水體的自凈能力，從而達(dá)到水體生態(tài)多樣性的進一步恢復(fù)。

水生態(tài)系統(tǒng)構(gòu)建以“控源截污、內(nèi)源治理、生態(tài)修復(fù)”為核心技術(shù)路線，對水環(huán)境進行綜合整治，打造健康水生態(tài)系統(tǒng)。

1、控源截污

針對不同河道情況提出專業(yè)的截除方案。
針對沒有接入市政管網(wǎng)的污水，短時間內(nèi)無法截除，只能排入河道，則使用特有的一體化污水處理設(shè)備來解決。

2、內(nèi)源治理
針對不同的河道底泥情況，清除底泥的方法主要有物理清淤和生態(tài)清淤。
物理清淤主要是使用挖機、吸泥船等物理設(shè)備將底泥移除。
生態(tài)清淤主要是進行原位治理，利用生物制劑降低底泥中的有機質(zhì)含量及含水率。

3、生態(tài)修復(fù)
主要通過微生態(tài)系統(tǒng)的修復(fù)技術(shù)、水生動植物（納污生態(tài)浮島、沉水植被、人工濕地等）、曝氣增氧等技術(shù)綜合治理來削減水體的污染負(fù)荷、恢復(fù)健康的水生態(tài)系統(tǒng)和水體自凈能力。水體完整的生態(tài)系統(tǒng)建立后再對其進行后期運營維護，從而達(dá)到長治久清的目的。